如果男性的阴茎根部出现疼痛的症状，一般是由于尿道、膀胱以及前列腺等器官的感染、炎症或者是结石等原因造成，比如尿道炎，患者的症状表现为排尿的时候或者是排尿结束的时候出现阴茎内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急，患者的尿道外口有流白色或者是黄色分泌物的症状。
如果是尿道内的结石，患者的症状表现为阴茎部位的疼痛、排尿困难、血尿等症状。如果是前列腺炎，患者的症状一般表现为会阴部、下腹部、腹股沟部、阴茎以及阴囊等部位的坠胀、隐痛等症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路症状。