血栓应使用抗凝药和或溶栓药，抗凝药分为肝素类、维生素K1制剂类（如华法林）以及新型口服抗凝药（如利伐沙班），溶栓药包括尿激酶、链激酶以及纤溶酶等。
血栓治疗时应根据个体的检查结果，包括凝血常规、血常规、D-二聚体以及彩超的情况，并结合病人的既往病史，有无出血类的疾病，或三个月之内有无脑梗塞、脑出血的情况选择抗凝药。同时也可以使用溶栓药，通常效果较好，但同时使用时也意味着出血的风险增加。