EB病毒DNA检测是通过外周血中进行EB病毒DNA的核酸检测。在发病的时候EB病毒可以在两周内达到峰值，随后开始下降，病程一般在三周左右消失。EB病毒DNA阳性提示机体存在活动性的EB病毒感染，但不能判断是原发性的感染，还是既往感染再激活。
因为有部分患者是携带EB病毒DMA的，这部分是慢性的携带者，可以存在很长时间不发病。所以测定EB病毒DNA不能确定是近期感染还是既往感染再激活，但是有EB病毒DNA外周血中含有这个病毒，那么就有传染性的。所以诊断疾病的时候还需要做EB病毒系列的测定。