如果血栓的位置是非重要位置，并且没有明显的红肿及疼痛，一般是给予活血祛瘀及抗凝治疗，血栓可逐渐的再通，并不影响患者基本的生命安全和功能。但是如血栓的位置较重要，如肺栓塞或者是大静脉及大动脉栓塞，则需要积极完善相关检查，进行溶栓治疗。如病情和身体情况允许的条件下，还可以行介入的溶栓治疗。
但是如果血栓较严重，例如肠系膜静脉血栓或者是动脉血栓，在溶栓治疗无效的条件下可能需要行手术治疗，术中进行取栓，并且还可能切除部分肠管，进行肠肠吻合或者是肠造瘘。所以不同的病情，其治疗方式是不一样的，需要与手术的主诊医师进行沟通和咨询。