在做完扁桃体摘除手术以后，患者通常并不会产生特别严重的后遗症，部分患者可能会因为扁桃体摘除以后咽腔空间变得比较宽敞，有可能会出现轻度的声音改变，也可能会进一步出现咽喉部轻度干燥感等不适症状。
此外，部分患者还可能会在两侧扁桃体手术区域出现轻度的瘢痕化改变，可能会引起一定程度的咽部紧张感、异物感等不适症状。扁桃体摘除手术需要符合一定的手术指征，大多数患者不会产生特别明显的不适症状，患者应根据病情的需要，选择是否进一步做扁桃体摘除手术。