海马体萎缩最常见的原因是小时候有过发热惊厥，发高烧引起的海马神经损害，而造成海马萎缩。因为大脑最敏感的部位就是颞叶，颞叶最敏感的就是海马体，容易受到外伤、炎症感染和发热等刺激，造成海马体的损伤，而出现海马萎缩的症状。
还有就是癫痫发作，反复的颞叶癫痫的发作，长时间也会造成海马体的萎缩。目前海马萎缩到底是造成癫痫的病因，还是因为癫痫发作的结果，现在还有争议。总之，海马萎缩和癫痫发作互相影响，互为因果的关系。