双膦酸盐类药物总体的安全性比较好，但是也有以下副作用：
第一、胃肠道不良反应。
第二、一过性流感样症状，尤其是在首次口服或者静脉注射双膦酸盐，可以出现一过性流感样不良反应。如果三天内不能缓解，可以使用非甾体类抗炎药，或者其他的解热镇痛药，进行对症治疗。
第三、下颌骨坏死，对于患有严重的口腔疾病，或者是需要进行接受牙科手术的患者，不建议使用双膦酸盐。
第四、非典型股骨骨折，一旦出现大腿或者是腹股沟部位的疼痛，应该进行双股骨X线拍片检查。
第五、肾脏的毒性，肌酐清除率小于35ml/min的患者禁用。