幽门螺杆菌检查的方法，临床上常用的有两种：
第一种方法是侵入性的检查方法，就是通过胃镜，采取胃黏膜的活检进行检测，包括快速的尿素酶试验、组织学检查和幽门螺杆菌的培养。这种方法是需要在胃镜的帮助下进行，一般来说费用较高，阳率较低。
第二种方法是非侵入性的幽门螺杆菌检测，常用的有碳13和碳14呼气试验，碳13呼气试验适用于孕妇和幼儿，对于未婚或者是小孩必须采用碳13，而不用碳14。
根据当地的条件或者是技术水平，可以采用快速尿素酶试验，这种方法操作起来比较简单，费用较低，但是阳率误差较大，碳13和碳14是临床上最常用的方法。