幽门螺杆菌治疗是以两种抗生素结合抑酸、保护黏膜药物治疗为主，幽门螺杆菌可以在胃酸环境下生存，当胃酸环境得到改变后，幽门螺杆菌的生长就会因此受到抑制，所以在使用药物上先需要使用抑制胃酸的药物，以降低胃酸的分泌，对幽门螺杆菌的生长环境造成破坏。
不少患者是由于胃黏膜防御力降低，而导致幽门螺杆菌造成侵犯，所以这些人在使用药物上还应当结合使用胃黏膜保护剂，增强胃黏膜的保护防御，减少幽门螺杆菌对胃黏膜造成的刺激。在使用抑酸药物结合保护黏膜药物的同时还应当使用抗生素，抗生素能够直接杀灭幽门螺杆菌，由于一种抗生素的效果有限，因此最好是两种抗生素同时使用。