如果发现肛门深部疼痛，可能的原因有以下几种：
1、可能是由于肛周脓肿导致的，这种情况一般伴有局部的红、肿、热、痛，或者是全身发热等炎症表现。
2、可能是由于肛瘘引起的，而且是高位的肛瘘，由于肛瘘的患者肠道和肛周的皮肤有一个窦道，而且高位的情况窦道比较深，局部疼痛是可能位置相对比较深。
3、肛门疼痛可能是由于肠道的肿瘤，比如结肠癌、直肠癌等引起的。
如果发现肛门深处疼痛，建议到正规的专科医院完善相关检查，可以做下腹部CT进一步明确诊断。