怀孕6周B超看不到胎囊不能做药流，要想做药物流产必须确定是宫腔内妊娠，在怀孕49天之内可以做药物流产。如果怀孕6周B超宫腔内看不到胎囊是不正常的，应该警惕是否有宫外孕，可以到医院抽血做血HCG和孕酮检查，如果血HCG没有隔日翻倍情况，孕酮数值比较低，应该警惕是否有宫外孕情况。通过彩超看子宫外是否有异常包块，如果宫腔内没有妊娠囊，子宫外有异常包块，盆腔有大量积液应该警惕宫外孕，宫外孕发生是非常危险的。宫外孕的患者不能药物流产，宫外孕的患者通过手术或保守方式治疗，怀孕6周B超看不到妊娠囊不能做药流。