早期肝癌的甲胎蛋白有可能一开始就很高，甲胎蛋白并不能用来评估肝癌的严重程度，因为有1/3的肝癌，甲胎蛋白是正常的，所以某些会产生甲胎蛋白的肝癌。有可能在早期就导致甲胎蛋白很高，并不具备评估甲胎蛋白严重性的标志。
但是针对个体来说，甲胎蛋白能够有效评估肝癌的疗效。如果肝癌实行根治性切除，那甲胎蛋白一般会恢复正常。如果在复查的过程中，甲胎蛋白又出现升高，则需要注意是否肝癌又出现复发的情况，导致甲胎蛋白的进一步升高。此时需要再进一步行检查影像学的检查，来确认肝癌是否出现复发，及时给予处理。