肝囊肿的多数病人是先天性的，也就是在胚胎发育时期，胆管发育异常，引起肝囊肿。少部分病人是由于后来局部感染或者创伤，继发性引起肝囊肿，但是相对来说比较少见。
对于肝囊肿，如果囊肿直径比较小，一般不会影响到肝脏功能，肝脏的大小基本也是正常的。这个时候病人没有任何症状，也不需要任何处理，只需要定期到医院做B超检查，观察囊肿生长的速度，一般情况下肝囊肿生长得非常缓慢。
对于直径比较大的肝囊肿，比如在5-6cm以上，肝脏往往会增大，病人会有右上腹的疼痛。因为肝大之后肝包膜会受牵拉，病人就会有持续性或者间断的隐痛。另外肝脏肿大时，有些病人也会引起肝生化异常，病人会有相应的类似于肝炎的表现，有食欲减退、上腹不舒、腹胀或者疲乏。有些病人囊肿的个头比较大，反复继发细菌感染，引起发烧，畏寒、寒战，局部有炎症，还需要抗菌药物的治疗。
另外也有少部分病人局部的囊肿里血管破裂、出血，这个时候病人会有剧烈的疼痛。对于直径比较大的肝囊肿，如果有上述情况病人需要去治疗，肝囊肿多数情况下会采用外科局部手术切除。