做肠镜的时间受到很多原因的影响，首先是患者方面的原因，如果是肠道走行比较紊乱，乙状结肠比较长或者横结肠下垂，以及患者腹部曾经做过手术而出现肠粘连的情况，一般做肠镜的时间相对比较长，大部分在20分钟或半小时，有的可能在1个小时才能做完。
如果患者肠道的准备比较好，肠道的走形比较顺畅，一般3-5分钟都能达到回盲部，再退镜观察6分钟左右，10分钟左右都能做完肠镜。
其次是操作者的方面，如果是初学者做肠镜，一般需要40分钟到1个小时的时间。如果是有经验丰富的操作者做肠镜，一般在10分钟左右。