脑基底动脉的梗塞属于比较严重的疾病，治疗上要根据患者就诊的时间，发病的类型选择相应的方案。
第一方面，如果患者是在发病的6h以内就诊，排除溶栓禁忌症可以给患者使用静脉溶栓的药物，使血栓溶解恢复患者神经功能，可以使用RTPA和尿激酶进行静脉溶栓，也可以通过动脉拉栓或者支架等方式改善患者脑部的供血。
第二方面，如果错过溶栓的时间窗，可以选择抗凝匠心抗血小板等方式治疗，同时要给予患者使用清除氧自由基，促进脑神经功能恢复的药物。第三方面，给予患者使用阿托伐他汀钙片保护血管内皮，稳定斑块进行治疗。