一些内分泌系统的疾病可能不适合妊娠，或者会对怀孕造成影响。有些内分泌系统疾病没有控制好之前怀孕是有风险的，比如甲状腺功能亢进，如果没有控制好就怀孕，会加重甲亢的症状，甚至可能会出现甲亢危象。
甲减如果没有控制好就怀孕，流产、早产的可能性会增加，同时低体重儿，胎儿的宫内生长受限的风险会增加；糖尿病病人如果没有控制好就怀孕，会导致流产、早产的可能性，同时会给母亲的健康造成比较大的影响。
有些内分泌性疾病会降低怀孕的可能性，比如多囊卵巢综合征，会导致排卵异常影响怀孕，卵巢功能下降会引起卵巢储备功能下降，也会降低怀孕的可能性。