怀孕出现孕酮水平低，是因为卵巢的功能不好，卵巢黄体分泌的孕酮水平不足造成。如果胚胎质量有问题，怀孕后体内的人绒毛膜促性腺激素水平不足，不能很好的刺激卵巢黄体分泌孕酮，也会导致孕酮水平不足。怀孕但是受精卵着床在子宫腔以外的部位，同样会导致体内的孕酮，以及人绒毛膜促性腺激素水平过低。
出现孕酮水平过低时，孕妇应当做超声检查以及HCG化验，进一步明确诊断。如果受精卵着床在子宫腔内，孕囊的大小与实际孕周相符，可以在医生的指导下，使用孕激素进行保胎治疗。如果胚胎发育异常，没有保胎的价值，需要及时终止妊娠。