正颌手术的操作是大型的系统工程，应该到较为大型的医院由正畸科医师联合正颌科医师设定整体的治疗方案，确定治疗方案后一般在正颌前开始进行正畸。
正畸并不是普通意义上的正畸，而是为了使正颌手术能达到较好的咬合而进行的正畸。
正畸治疗后一般取模型，针对模型或者三维重建来设定好具体正颌手术所要移动的位置，再就是全麻下施行手术。
手术的过程中针对上颌和下颌分别切开，将对应的牙位取出来，对好相应的位置后应用固定材料，固定在相对设定好的位置，术后在应用正畸的方案，针对于固定好的牙位进行恢复性的正畸。