颅脑磁共振可以检查颅内是否有肿瘤，也可以检查出颅内的急性、慢性血肿。头部核磁共振可以通过实验室检查，观察颅脑内部有无病变，同时也可以看出脑结构是否有所改变，也可以观察脑内是否有肿瘤，以及肿瘤的位置、大小、形状、分布部位等。
同时针对颅脑内部的低度星形胶质细胞瘤，或者神经节神经胶质瘤、动静脉畸形以及颅内血肿，都有相对较高的确诊率。也可以检查出血肿或者畸形的大小、分布情况。如果患者出现颅脑部位长期头痛，进行脑部的核磁共振可以查明原因，在临床上可以有效辅助检查、诊断，同时也可以避免误诊。