用激素治疗肺炎的后遗症是肌肉萎缩、股骨头坏死。短期内使用少量激素治疗肺炎，不会引起不良反应的。
如果治疗肺炎时，为了追求短期疗效，大剂量使用激素，相当于氢化可的松二十毫克以上，连续使用时间超过一周以上，会出现激素的副作用，如向心性肥胖、高血压、高血糖、高血脂等，这些副作用随着停用激素，症状会慢慢消失。
但有的副作用是不可恢复的，出现了严重的后遗症，如骨质疏松、肌肉萎缩等，特别是骨质疏松后遗症，会引起自发性骨折、股骨头坏死，导致病人瘫痪长期卧床，影响病人的生存质量。因此用激素治疗肺炎时，要权衡利弊，少量短期使用。