巧囊是子宫内膜异位症的一种，具体的手术过程是先要进入患者的盆腹腔。如果是开腹手术，则要切开女性下腹正中的腹壁；如果是进行腹腔镜手术，则用戳卡进行腹部的打孔。
在进入女性的盆腹腔之后，先观察巧囊的位置与周围组织粘连的情况，如果存在粘连则需要分离粘连。当充分地暴露巧囊之后，需要在巧囊壁上做一切口，将巧囊的囊肿壁进行剔除。
在剔除之后将剩余的卵巢组织进行缝合，卵巢组织成型之后，需要用大量的温盐水冲洗盆腹腔。冲洗之后观察，如果腹腔内没有存在缝合处的出血，则可以顺利地关腹，以上是巧囊的整个手术过程。