消化不良与乳糖不耐受的区别在于功能性消化不良往往都是胃肠蠕动异常所导致的，它所表现的症状可以是早饱、腹胀，有的时候可以伴有便秘，往往有可能是进食的过多、过油腻，调整饮食以后，有可能症状就能缓解。
乳糖不耐受往往是机体缺乏的乳糖酶不能对乳糖很好地消化、吸收，乳糖进入胃肠道以后，可能会促进胃肠道的蠕动，甚至促进胃肠道水分的吸收，而导致腹泻。
比如此类患者进食了牛奶以后，这种就可以导致剧烈的腹痛、腹泻，但如果排除了乳糖成分，不喝牛奶，症状可能就能很好的缓解。