安宫牛黄丸的副作用有肢寒畏冷、面色苍白、冷汗不止等全身不适症状，极少数的患者服用该药物以后会出现体温偏低的情况。少数患者服用安宫牛黄丸以后，全身会出现皮肤丘疹样斑块、瘙痒等过敏样反应，长期服用安宫牛黄丸可能会对肝肾功能造成一定的损伤，所以肝肾功能异常的患者不建议服用。
孕妇服用安宫牛黄丸可损伤胎气，所以孕妇要慎用。安宫牛黄丸的主要功效是清热解毒、镇静开窍等，可用于治疗由春温、风温、暑温、疫毒等引起的神昏，也可以缓解高热烦躁、惊厥、抽搐等。患有流行性脑脊髓膜炎、乙型脑炎、中毒性脑病、败血症等的患者，出现上述症状时都可以服用安宫牛黄丸。