肺结核患者如果没有痰，无法进行痰涂片找抗酸杆菌检查。此类患者可以做支气管镜检查、支气管肺泡灌洗，然后收集痰液做痰涂片检查，检出率比单纯痰涂片的检出率更高。如果支气管灌洗液涂片检查也是阴性，高度怀疑肺结核。
患者可以进行诊断性抗结核治疗，治疗1-2个月左右若肺部病灶吸收则说明是肺结核。疑似肺结核的患者若多次检查都是阴性，可以做肺穿刺病理检查。