慢性结肠炎可以口服美沙拉嗪、益生菌、复方谷氨酰胺胶囊，以及抗生素等治疗。慢性结肠炎常常指溃疡性结肠炎，是因为免疫功能紊乱，或者是生活饮食不规律导致肠黏膜充血、肿胀、糜烂、溃疡，病情反复发作、迁延不愈，常表现为腹泻、黏液脓血便、腹胀、腹痛等。
慢性结肠炎发作时可以口服美沙拉嗪控制炎症，同时可以口服益生菌调节肠道菌群，有利于肠黏膜的修复。也可以口服复方谷氨酰胺胶囊修复肠黏膜，如果腹泻比较明显，也可以口服蒙脱石散。
如果化验大便有明确的细菌感染，需要给予抗生素进行治疗，最常用的肠道抗生素包括左氧氟沙星、黄连素等，抗生素可以通过大便培养做药敏试验来选择敏感的药物。出现慢性结肠炎最好是做结肠镜检查，评估肠道的炎症程度，以及判断具体的病因，然后有针对性的选择上述药物进行治疗。