心房心肌病病人容易出现左心耳血栓的并发症，所以血栓栓塞的预防和治疗对于该类病人来说十分重要。抗凝药物的使用是重在预防，通过中断或者改变凝血激活过程从而阻止凝血。临床上多使用的抗凝药物有肝素、香豆素类、抗血小板药、蛇毒溶栓剂、新研发的抗凝药物五种。肝素的抗凝作用极强不建议长期使用，因为副作用大且易导致出血。香豆素类药物很常用，常用的有华法林，它多用于CHADS2积分大于等于2分的患者。常用的抗血小板药是阿司匹林，价格便宜且有效但是只建议用于CHADS2小于2者。新型口服抗凝药利伐沙班、达比加群酯等除了能稳定抗凝外，一大优点是起效快且不用检测凝血指标。