甲状舌管囊肿不会自愈，因为是先天性的疾病，是由于甲状舌管的先天性的未闭合导致。在感染时可能会增大比较迅速，甚至会有疼痛或者破溃、流脓的症状，在没有感染时可能会增长比较慢。
当囊液比较多时，会出现颈部中线部位的包块，通常是囊性包块，可以通过CT或者B超来检查明确，此疾病不能自愈，需要通过手术来完全切除。手术通常要住院在全麻下进行，属于常规手术，但是先天性的窦管或者囊肿也还存在一定的术后复发可能性。