支原体主要分为两大类型，包括肺炎支原体和经性传播支原体。所以不同支原体感染后最初症状也不相同。
1、肺炎支原体：感染后早期表现为上呼吸道感染，出现乏力、咽痛、头痛、肌肉酸痛、食欲不振，2-3天后会出现发热，体温常达39℃。咳嗽为本病的突出症状，一般于病后2-3天开始，初为干咳，后转为顽固性剧咳，少数病例类似百日咳样阵咳。
2、经性传播支原体：其中包括解脲支原体、人型支原体、生殖支原体等，都可引起泌尿、生殖道的感染。女性患者的表现以子宫颈为中心，扩散到生殖道炎症，多数无自觉症状，少数重症患者会有阴道下坠感。感染局限在子宫颈时，可表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。
感染扩散至尿道，会出现尿频、尿急、尿痛以及尿道口潮红、充血，挤压尿道可见少量分泌物外溢，但很少有压痛。男性感染后出现尿频、尿急、尿痛等泌尿道感染症状，亚急性期常合并前列腺感染。