导致肠炎的原因有很多，肠炎指各种原因导致慢性腹泻中的渗出性腹泻，即各种原因导致肠黏膜糜烂，大便中可以看到红白细胞，肉眼可见黏液脓血便。
临床上导致渗出性腹泻的原因较多，包括微生物感染引起的肠炎，比如菌痢、肠结核、阿米巴肠炎，这些都是与不同微生物相关的肠炎。
自身免疫性肠炎也是慢性肠炎的一种，自身免疫性肠炎也叫炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病、白塞氏病等，这些疾病的原因都是各种原因引发了自身免疫紊乱，自身免疫力攻击自己的肠道。