舌下腺囊肿手术不太痛苦，可以在局麻下进行，所以手术的难度和疼痛的程度都不是很高。如果手术非常复杂，病人难以忍受，一般就选用全麻进行手术。但是有一点需要病人配合，在局麻下要求病人在手术的过程当中全程保持张口状态。
手术本身不是很复杂，但是手术的区域比较狭小，给手术带来一定的困难。舌下腺位于口底黏膜下方，上面有舌，侧面有牙槽骨，所以手术区域非常小，视野不够充分，手术起来就有一定的困难。还需要分离舌下腺里面的下颌下腺导管和舌神经，并且将它们保护起来，然后再将舌下腺和囊肿一并摘除，而且切除完以后，缝合也比较困难，但是只要麻醉充分，病人没有明显的痛苦。