治疗肺结核的二线用药有注射用抗结核药物，包括卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素，氟喹诺酮类药物如莫西沙星、左氧氟沙星、氧氟沙星等。口服的二线抗结核药物，包括乙硫异烟胺、丙硫异烟胺、环丝氨酸、对氨基水杨酸等。
二线用药常用于耐药肺结核的治疗，耐药肺结核的治疗原则是详细了解病人用药史，以及该地区的常用抗结核药物、流行病学史，尽量做药敏试验，严格避免只选用一种新药加到原治疗的失败方案当中。尽可能采取新一代的氟喹诺酮类药物，不使用交叉耐药药物，治疗方案当中至少含有四种二线的敏感药物，至少包括吡嗪酰胺、氟喹诺酮类、注射用卡那霉素、阿米卡星、乙硫或丙硫异烟胺、环丝氨酸等。一般强化期为9-12个月，总治疗期20个月或者更长，以治疗效果决定停药时间。