两只眼睛高度不一样，通常是由于以下几种原因造成：1、由于单眼上睑下垂导致，因为有一只眼睛的眼皮无法上抬到正常高度，从而使双眼看起来不处在同一水平面上，但是不会对视觉功能造成影响。2、由于垂直性斜视导致，因为控制眼球垂直方向运动的上直肌、下直肌、上斜肌、下斜肌等眼外肌出现病变，从而使两只眼睛视线的方向不平行，在垂直方向上产生角度偏差，导致两只眼睛看起来不一样高。3、由于甲状腺相关性眼病导致，既会因为眼眶内的软组织增生导致眼球突出，并且使眼外肌梭形膨大、功能受损，使两只眼睛不处在同一水平面上，引起高低不一样。