抗甲状腺氧化酶抗体的临床意义是诊断自身免疫性甲状腺疾病，甲状腺过氧化物酶是甲状腺固有的成分，碘在过氧化物酶作用下，被有机化利用甲状腺这个工厂，生产甲状腺激素。如果免疫系统不认识甲状腺过氧化物酶，把它当成敌人，就会长生抗甲状腺化酶抗体，这个抗体并不会直接损伤甲状腺，但是抗体的出现意味着体内出现自身免疫性甲状腺炎。
测定甲状腺过氧化物酶抗体的临床意义有多方面：
1、用于诊断自身免疫性甲状腺疾病，最常见的桥本甲状腺炎，就是通过测定甲状腺过氧化物酶抗体，有助于临床诊断。
2、如果抗过氧化物酶抗体阳性，也是使用干扰素、白介素合理治疗期出现甲减的危险因素。
3、抗过氧化物酶抗体的测定，有助于了解使用胺碘酮治疗期间出现甲减的可能性。
4、测定抗过氧化用抗体如果阳性，也是孕期出现甲功异常，是产后甲状腺炎的危险因素。
5、抗过氧化酶抗体阳性也是流产和体外受精失败的危险因素。