男性不育的病因非常复杂，很多的疾病都会引起男性不育，大致可以分为以下几类：
第一、睾丸的因素，由于睾丸的功能是分泌雄激素和产生精子，如果睾丸的生精功能受到影响，就会引起男性不育，比如先天性睾丸发育不良，或者睾丸的位置异常、睾丸外伤、睾丸扭转、精索静脉曲张，还有接触辐射、重金属、生殖毒性药物。另外，一些全身性疾病，比如严重的营养不良、神经内分泌疾病、肝硬化、长期吸烟酗酒等因素，都会影响睾丸的生精功能。
第二、附属性腺、输精管道的因素，男性的输精管道包括附睾、输精管、射精管，以及男性的尿道。附睾是精子成熟的器官，如果附睾出现病变，造成精子的成熟障碍，就容易造成男性不育。输精管道梗阻引起的梗阻性无精子症，也会造成男性不育。
第三、男性的性功能障碍，比如勃起功能障碍、逆向射精、不射精等原因。
第四、一些男性不育找不到确切的病因，称为特发性不育。