患者服用冠心苏合丸以后，副作用主要是患者会出现恶心、干呕的情况，或者肠胃疼痛难忍。由于冠心苏合丸主要是为了治疗患者因为心脉不通，所产生的心前区疼痛难忍、胸口闷和憋气症状，所以药物中就含有大量芳香开窍类中药成分，会让患者感到反胃。长期服用就会对人体胃肠道有一定的刺激性，还会损伤患者自身元气，不利于病情的恢复。
除此以外，药物中含有的冰片和苏合香，还会导致患者胃黏膜和血管里面血液粘稠度过高，进而可以引起肠胃疼痛。所以如果患者患有慢性胃炎或者胃部溃疡的症状，就要避免服用此药。