角膜塑形镜是戴到眼表的隐形眼镜，因此与隐形眼镜相类似的风险和并发症，角膜塑形镜都是潜在存在的。最常见、家长最关心的是感染问题，角膜塑形镜如果清理不到位，会导致眼表细菌感染、阿米巴感染，一旦感染后会出现结膜炎、角膜炎，角膜炎的危害会更大一些。有的孩子因为得过角膜炎、角膜溃疡，角膜会遗留下角膜的云翳，从而影响视功能。
角膜塑形镜的危害还有能破坏眼表环境的平衡，有可能需要经常补充人工泪液以滋润眼表。因为人类进化后正常的眼表结构是一个稳态的微环境，戴上角膜塑形镜后属于人为外加的异物，因此会破坏眼表环境的稳态，会导致干眼。
但是，这些问题要辨证的看，因为角膜塑形镜有很多优势和用途。在权衡要不要戴角膜塑形镜的时候，要权衡利弊，因为在控制青少年近视方面有不可替代的作用。