一般结核病是艾滋病的合并症，因为发生艾滋病时HIV病毒侵入人体，主要是伤害人体免疫系统当中最重要的CD4+T淋巴细胞，当CD4+T淋巴细胞被攻击时可以造成免疫功能下降。在艾滋病期时由于CD4+T淋巴细胞迅速下降，可使人体免疫功能丧失而造成多种机会性感染，比较常见的就是感染结核分枝杆菌而患结核病。
除结核之外，单纯疱疹病毒或带状疱疹病毒感染，也是艾滋病晚期的常见并发症，其他还有反复发作的细菌性肺炎、肺孢子菌肺炎、深部真菌感染、中枢神经系统占位性病变、活动性巨细胞病毒感染等，都是艾滋病晚期比较容易出现的合并症。