如果肛瘘诊断明确，是需要手术治疗的，轻微肛瘘也不能自愈。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛周脓肿切开引流术后或肛周脓肿自行破溃，脓液溢出后，急性炎症变成慢性炎症。长期反复感染、破溃、肉芽组织增生，形成窦道，会形成内口、瘘管、外口组成的肛瘘，肛瘘的症状为外口反复破溃、溢脓、溢液。
肛瘘有间歇期和发作期，间歇期会完全没有症状，这时可以不用药治疗，发作期会出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗，暂时缓解症状。肛周脓肿手术后超过三个月以后，如果明确形成肛瘘瘘管，而且肛瘘反复发作，最佳的治疗方法是手术。肛瘘的手术方式有很多，具体术式要根据患者的具体病情决定，根据肛瘘的复杂程度决定。术后定期换药，帮助创面愈合，避免假性愈合。