患者小便时腰痛，要结合是否伴有其他症状而决定，可能是泌尿系结石、肾肿瘤、前列腺炎、肾盂肾炎等等，具体如下：
一、泌尿系结石：如果是小便时腰痛，特别是伴有血尿，可能是泌尿系结石所造成。对于肾结石来说，腰痛可能多为胀痛。对于输尿管结石来说，腰痛一般比较剧烈，常常伴有恶心、呕吐等消化道症状。
二、肾肿瘤：应该注意是否有肾肿瘤。
三、前列腺炎：对于中青年男性，特别是性活跃期，手淫、性生活等性刺激比较多的时候，可能是前列腺炎所造成。
四、肾盂肾炎：对于女性患者，如果伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，则应该考虑有可能是急慢性肾盂肾炎所造成。
患者出现小便时腰痛，应该及时到正规医院泌尿外科进行检查，比如查尿常规、泌尿系彩超等，可以初步明确诊断。