飞秒治疗近视眼，相对来说副作用少一些，但是也存在相应的副作用，一般主要包括过矫、欠矫、屈光回退、干眼症、角膜层间残留碎屑、角膜神经营养性的上皮病变、弥漫性的层间角膜炎、感染性的角膜炎、进行性的角膜扩张等。手术之后的副作用比较小，在手术之前，就要警惕的进行手术适应症的选择。在术后也要定期复查，使用相应的滴眼剂来预防这些副作用的发生。
很多患者希望通过做飞秒激光手术来摘镜，所以不用过于担心这些副作用。因为飞秒激光手术属于角膜屈光手术当中技术非常成熟的一种手术方式，主要是用飞秒技术制作角膜瓣，切削膜基层，和传统的准分子激光手术相比，能够大幅度的降低手术风险，而且具有较高的精确度，手术以后视觉质量更加完美。所以，如果是近视眼，可以考虑通过飞秒激光来进行治疗，不过这种手术有创，在术前要签署手术同意书。