如果没有进行系统有效的治疗，艾滋病病毒感染者数年后会进入艾滋病发病期，持续约12-18个月左右，并最终导致死亡。如果在感染早期就能及时服用抗病毒药物，进行正规治疗，效果理想，感染者可能终身不会进入发病期。艾滋病发病期是艾滋病病感染者的周末阶段，此期最具有标志性的变化是患者CD4的T淋巴细胞数量小于200/µl，此时该细胞数目以不足以维持免疫系统的正常运转，从而导致机体免疫功能明显降低或缺陷。患者可出现艾滋病相关的症状，以及各种严重的机会性感染和肿瘤。
主要包括长期的不明原因的发热、腹泻、体重减轻、多种机会性感染的出现，如口腔真菌感染、单纯疱疹病毒或带状疱疹病毒感染，肺孢子菌的肺炎、肺部真菌感染、结核杆菌感染、巨细胞病毒感染、弓形虫感染等，出现皮肤黏膜或内脏的息肉瘤、淋巴瘤等。此时如果能够积极的服用抗病毒药物，抑制病毒复制，并有效地控制各种变化，患者的病情也能有所缓解，寿命会得到相应的延长，但具体存活时间还要看治疗效果以及个人的身体情况。