治疗百日咳的特效药通常分为三大类，具体如下：
第一、针对百日咳杆菌所选择的抗生素，通常特效的抗生素是大环内酯类药物，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。
第二、针对痉挛性咳嗽采用止咳、镇咳、化痰的药物，必要的时候还可能要用大剂量的激素，来缓解严重咳嗽、支气管痉挛导致的各种临床症状和体征。
第三、生命器官支持所需要用的药物，如严重的百日咳可能有混合感染，可能有严重的缺氧导致的呼吸衰竭，因此临床要针对严重缺氧、呼吸困难采取相应的药物治疗，尤其是大剂量的激素，既可以缓解严重感染导致的严重反应，也可以缓解痉挛性咳嗽导致的严重缺氧。
除此以外，可以氧疗，必要的时候气管插管、气管切开、呼吸机支持，这些都是治疗百日咳过程中，所需要的各种不同类型的病因治疗、对症处理、支持治疗的方法。