治疗慢性结肠炎的药物，主要有以下三类：
第一、5-氨基水杨酸，早期使用最多的是柳氮磺吡啶，由于不良反应相对比较多，目前基本上被5-氨基水杨酸所取代，有很多剂型像颇得斯安、莎尔福、艾迪莎、惠迪等都是治疗溃疡性结肠炎的有效药物，既有口服药，也有栓剂和灌肠液。具体使用的方式、剂量，跟疾病的分型、分度有密切的关系，一定要在医生的指导下进行使用。
第二、肠道微生态制剂，这类药物对于缓解症状、调节肠道菌群发挥了很大的作用，而且安全，没有不良反应，最常用的有培菲康、整肠生等。
第三、免疫抑制剂，像硫唑嘌呤等，对于比较重的病情使用5-氨基水杨酸，在发作的时候经过激素治疗仍然效果不好的，需要使用像免疫制剂这样的药物。