小孩肥胖的根源，也在于能量代谢的平衡失调。当能量摄入多于消耗，就会使脂肪合成增加，进而导致肥胖。环境和遗传因素，在肥胖的发生与发展中起着重要的作用。极少数的肥胖属于单基因突变所导致的肥胖，但是大多数人的肥胖不是单基因病，而是由于多基因和环境因素共同参与导致的肥胖。
除了多基因肥胖病以外，在小孩中有一种存在肥胖表型的遗传综合征，比如Prader-Willi综合征。环境因素主要指的是进食多、体力活动少，如果经常摄入过多的中性脂肪以及糖类，就会使脂肪合成加快。同样，活动过少也容易导致肥胖的发生。