如果急性结膜炎传染到另一只眼睛，被传染的这只眼睛也需要和患眼一样使用药物治疗。
不同类型的结膜炎所用的药物也不一样，比如急性细菌性结膜炎需要使用抗细菌的药物，如左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液，以及妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等。
如果是急性病毒性结膜炎，则需要给予抗病毒的药物，比如阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等，用药的时候眼药水不要滴到角膜上，滴完药五分钟内要按压内眼角。另外，一定要注意个人卫生，以防传染他人。