腹部核磁共振检查的部位有上腹部、中腹部、下腹部以及全腹部的核磁共振扫描，并且也可以进行核磁共振的增强扫描等相关情况，通常可以将腹腔脏器进行检查和筛查，来了解有没有组织和器官的病变。
相对来说，胃肠道核磁共振的显示效果较差，因为有大量的气体干扰，所以空腔脏器不是核磁共振的首选，对于其他的肝脏、胆囊、胰腺、脾脏、前列腺、肾脏以及部分结直肠肿瘤，或者是胃肠道肿瘤，看其有没有淋巴结转移等等有一定的帮助，但是，如果有金属植入物，一般不推荐进行核磁共振的检查。