早晨起来后腰两侧酸痛，可以有以下几种原因造成：
第一是腰背肌筋膜炎，腰背肌筋膜炎可以出现晨起时腰两侧的疼痛，常由于着凉、劳累、长期弯腰而导致，要早期查体以及检查，排除其他的疾病来诊断。
第二、腰肌劳损，腰肌劳损时可以出现一侧或两侧腰部肌肉酸痛的症状，要早期的查体来诊断，早期的物理治疗。以及口服药物的治疗。
第三、类风湿，类风湿累及了脊柱时，可以出现晨起时腰两侧的酸痛，要早期的查体以及检查血的化验，拍摄腰椎X线片来早期的诊断。
第四、强直性脊柱炎，强直性脊柱炎也可以出现晨起时腰两侧酸痛、晨僵的症状，要早期的进行血的化验，以及腰椎、骶髂关节X线片检查，来早期诊断和治疗。