患者在做肛门镜检查时，不会有疼痛的感觉，但会出现下腹部以及肛门部位有发胀的感觉，对于这种情况患者是可以忍受。在进行检查时，会在肛门镜的外壁涂上石蜡油起到润滑的作用。
如果患者肛门部位有肛裂、肛周围脓肿以及外痔炎症感染发生时，可能就会在检查时，因为肛门镜的摩擦而导致出现疼痛。特别是有肛裂的病人，疼痛感更加强烈，因此，肛门处有病变的患者，不适合做肛门镜检查。
另外，如果患者由于情绪紧张，引起括约肌痉挛或者过度收缩，在做肛门镜检查时也会出现疼痛的感觉。综上所述，病人在做肛门镜检查时是否会出现疼痛感，与病人的病情以及括约肌紧张程度有关系，但大部分是没有疼痛的感觉。