骨髓水肿的原因不同，治疗方法也有区别，比如是因为炎症性疾病，像类风湿性关节炎引起的关节周围的骨髓水肿，就说明类风湿没有控制好，需要到风湿免疫科进行规范的类风湿治疗，经过规范治疗之后，如果类风湿性的指标逐渐正常，骨髓水肿也会逐渐正常。如果骨髓水肿是由于外伤导致的，这种骨髓水肿其实就是骨挫伤，或者是没有形成骨折的骨损伤。
外伤引起的骨髓水肿，要排除有没有关节周围的韧带损伤和其他部位的骨折，如果都没有，可以佩戴关节的支具进行保护性的活动，每个月复查一次x线片，确保没有骨折发生，一般三个月之后骨髓水肿就逐渐消失了，就没有问题了。对于外伤引起的膝关节股骨髁的骨髓水肿，要仔细检查有没有交叉韧带的损伤，不能漏诊。踝关节扭伤引起的胫骨远端关节面的骨髓水肿，或者是巨骨关节面的骨髓水肿，也要密切随诊，必要时在三个月复查核磁，确认有没有巨骨的骨软骨损伤。