良性卵巢囊肿大多数没有明显的临床症状。卵巢囊肿有很多种类，临床比较常见的是卵巢的生理性囊肿。
卵巢生理性囊肿是由于在月经中期，卵巢分泌的激素水平波动所造成的卵巢囊性肿物，一般在月经中期出现，经过2-3个周期的观察后，在月经结束的时候进行复查，卵巢囊肿会缩小甚至消失，这种卵巢的生理性囊肿是没有明显的临床症状的。
当然也有一部分卵巢囊肿由于囊肿过大，由于外力的作用造成囊肿破裂引起下腹痛。再有就是卵巢的子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是女性卵巢子宫内膜异位症的一个临床表现，这样的病人往往合并有痛经的症状，因此如果出现进行性的、继发性的痛经，要考虑子宫内膜异位囊肿的可能性，卵巢子宫内膜异位囊肿还有可能造成女性的不孕症。
再有就是卵巢的炎性肿物，炎性肿物是由于盆腔炎所造成的，会表现有发热、腹痛的炎症症状。